Dies fand aber nicht die Zustimmung der Diözese Würzburg, da die 1739 von Johannes Georg Otto aus Würzburg gebaute einmanualige Orgel mit acht Registern – wenn auch nur bedingt – noch restaurierungsfähig erschien. Nach mehreren Diskussionen der Initiatoren, Norbert Zobel, Leo Körner und Hermann Vogel führte es dazu, dass das Vorhaben der Restaurierung am 7. September 2009 doch spontan gestartet wurde.
Nachdem das noch brauchbare Gehäuse in der Scheune des alten Kindergartens gesäubert, mit Holzschutzmittel gestrichen war, wurden die noch verwendbaren Metallpfeifen sortiert und gerundet. Die Traktur, die Pfeifenstöcke und das Wellenbrett mussten ebenfalls noch funktionsfähig gemacht und die Balgenanlage erneuert werden.
In mehreren tausend Arbeitsstunden beteiligten sich nicht nur die Initiatoren, sondern noch viele andere Mitarbeiter vom Fach. Die nicht mehr verwendbaren und verwurmten Teile und Holzpfeifen wurden in Eigenleistung durch neue ersetzt.
Die Finanzierung hatte man sich zunächst schwieriger vorgestellt. Dank Spenden von privater Seite und der Sparkasse Mainfranken Würzburg sowie der Raiffeisenbank Ochsenfurt konnte dies gemeistert werden.
Nach zehnmonatiger Restaurierung kann die nun wieder hergestellte Orgel am Sonntag, 12. September um 10 Uhr vom ehemaligen Bischof Paul-Werner Scheele bei einem Festgottesdienst eingeweiht werden. Mitwirkende sind Regionalkontor Christian Stegmann (Kitzingen) an der Orgel und der Chor des Gesangvereins Sängerkranz Bieberehren. Um 14 Uhr findet das 1. Orgelkonzert mit dem Kirchenmusiker Konrad Bürkle aus Ochsenfurt und Heiko Oechsner (Trompete) statt.
Zudem gibt es noch eine Bilderausstellung, die verschiedene Stationen der Restaurierung zeigt. Neben dem geistig-musikalischen Angebot lädt die Pfarrgemeinde zu einem kleinen Fest im angrenzenden Hof des Getränkemarktes Schmitt ein, das mit dem Mittagessen beginnt und nach dem Orgelkonzert mit Kaffee und Kuchen ab 15 Uhr fortgesetzt wird.
Für die musikalische Umrahmung sorgt die Trachtenkapelle Bieberehren unter Leitung von Matthias Engel. Da die Plätze beim Festgottesdienst in der Kapelle größtenteils von den ehrenamtlichen Helfern und Spendern belegt sein wird, ist eine Videoübertragung in den Getränkemarkt Schmitt eingerichtet.