Herrlich anzusehen ist noch heute das Vesperbild. Alte Rechnungen belegen, dass es bereits im Jahr 1702 renoviert wurde. 1703 hatte ein namentlich nicht genannter Schreiner zwei Beichtstühle anzufertigen und zu liefern. Der "Schreiner Zu Eltmann" bekam für zehn Gulden den Auftrag, einen neuen Seitenaltar zu fertigen und einzubauen. Ein Schmied musste zwei Aufhängehaken für das Marienbild sowie zwei Kloben für den Einbau in die Wand anfertigen. Da sich die Kirchengemeinde Limbach durch die obigen Arbeiten und Anschaffungen ziemlich verausgabt hatte, trat erst einmal eine Pause ein, um sich für eine weitere Verbesserung der Verhältnisse im Bereich rund um die alte Wallfahrtskirche finanziell zu erholen.
Dies war ab 1712 der Fall und man beauftragte den Eltmanner Maurer- und Steinhauermeister Nicolaus Ebert für 48 Gulden, in Kirchennähe ein Beinhaus aufzumauern und eine neue Friedhofsmauer aufzuführen. Nicolaus Ebert musste außerdem die vorhandene Sakristei-Tür abbrechen und sie an eine andere Stelle versetzen. Zu diesen Arbeiten musste er die steinernen Bodenplatten in der Kirche entfernen und hinterher wieder fachmännisch verlegen. Außerdem musste er noch "den alten Predig Stuhl" (=steinerne Kanzel) abbrechen. Im Jahr 1716 wurde eine neue hölzerne Kanzel von einem Eltmanner Schreiner angefertigt, die Transportkosten "von Eltmann zur Capellen" sind in der Kirchenrechnung verbucht.
Eine besondere Begebenheit gab es 1717, nach der ein Anstieg der Wallfahrer zu verzeichnen hatte. In Wonfurt brach eine Viehseuche aus und die damalige Dorfherrin Frau von Beeck nahm in dieser großen Not und Bedrängnis mitsamt den ganzen Dorfuntertanen Zuflucht zu Bittgebeten an die "Muttergottes von Limbach". Alle versprachen eine alljährliche Wallfahrt nach Limbach und mit der dortigen Feier eines Hochamtes. Schon bald kam die Viehseuche zum Stillstand und die Wonfurter nahmen diese Hilfe zum Anlass, viele Jahre im Oktober eine Dankwallfahrt nach Limbach durchzuführen.
Bis 1724 fehlen die fortlaufenden Kirchenrechnungen im Limbacher Archiv. Aus der Rechnung von 1725 geht hervor, dass sich das Kirchengebäude inzwischen baulich in einem immer schlechtere Zustand befand. Der Limbacher Maurer Balthasar Thalhäuser musste bereits zum zweitenmal das "durch den Wind ruinirte Chortach" reparieren. Auch der im Kirchenbau erfahrene Stettfelder Zimmermann Sebastian Streit wurde zur Besichtigung des beschädigten Daches herbeigeholt und musste gleich entstandene Schäden ausbessern.
Im Jahr 1726 war die alte Wallfahrtskirche schließlich so baufällig, dass die Gemeinde Limbach beim Fürstbischof Christoph Franz von Hutten mit der Bitte vorstellig wurde, die bischöflichen Steuern von der Gemarkung Limbach drei Jahre einsammeln und zur Wiederherstellung der Kirche verwenden zu dürfen. Diese Bitte wurde aber von den Würzburger Behörden abschlägig beschieden.
Anfang des Jahres 1727 erbot sich dann die Gemeinde, zur Wiederherstellung der Kirche ein Darlehen von 600 Gulden aufzunehmen, konnte aber ein solches nirgends erhalten. Nun berichtete auch noch der Eltmanner Pfarrer Johann Michael Dunkel nach Würzburg, dass die Marienkapelle in Limbach so ruinös und baufällig sei, dass man bei Regenwetter nicht mehr ohne Gefahr zelebrieren und dass bei starkem Wind das größte Unglück geschehen könne. Aber auch er hatte keinen Erfolg.
Doch in diesem Jahr 1727 wurde das so genannte Gnadenbrünnlein unweit der Wallfahrtskirche entdeckt. Eine seuchenartige Krankheit hatte das Dorf überfallen und viele Menschen hinweggerafft. Die Hirtenfrau Katharina Schwalbinger aus Limbach überstand die Seuche, verlor aber ihr Augenlicht. Nachts im Traum war ihr, als sage eine Stimme zu ihr, sie solle von der Kirche aus zu einer bestimmten Stelle in Richtung des Dorfes gehen. Dort würde sie Wasser finden, mit dem sie ihre blinden Augen waschen solle.
Die Hirtenfrau wurde deswegen zwar anfangs von ihrem Mann und anderen Leuten ausgelacht, weil man dort noch nie Spuren von Wasser gesehen hatte. Doch sie bat immer wieder, dass man sie an die ihr beschriebene Stelle führen möchte. Als dies schließlich geschah, man dort tatsächlich eine Vertiefung mit Wasser fand und sie sich die Augen gewaschen hatte, wurde sie augenblicklich wieder sehend.
Weitere unerklärliche Heilungen der Kunigunde Viering aus Limbach, des Konrad Vogel von Eltmann und eines Söhnchens von Philipp Valentin Voit von Salzburg und seiner Gemahlin Maria Eva, geb. von Guttenberg, wurden sehr schnell weit und breit bekannt und es strömten Scharen von Hilfsbedürftigen herbei. Viele dabei erfolgten Heilungserlebnisse wurden von den schriftlich niedergelegt und sind in Originalen erhalten. Als sich diese wundersamen Heilungen in kürzester Zeit weit herumsprachen, setzte ein Zustrom von Pilgern ein, der von Jahr zu Jahr größer wurde.
Diese Begebenheiten und der steigende Zustrom der Wallfahrer nach Limbach lenkten naturgemäß auch die Aufmerksamkeit der kirchlichen Behörden in Würzburg dorthin. Der damalige Fürstbischof Christoph Franz von Hutten (1724 bis 1729) besichtigte selbst die Kirche und das
Als er dabei die baufällige Kirche vorfand, versprach er, diese wieder herstellen zu lassen. Es folgte schon bald die Lieferung von Bauholz nach Limbach zur Reparatur des Dachstuhls. Doch durch den Tod des Fürstbischofs im Jahr 1729 unterblieben weitere Reparaturen an der Kirche. Bereits 1727 wurden durch die herbeiströmenden Pilgerscharen 681 Gulden Einnahmen an Opfergeld verbucht. Dadurch waren plötzlich die Mittel für die Reparatur der Kirche vorhanden. Daraufhin wurde im August 1728 mit dem fürstbischöflichen Hofzimmerermeister Leonhard Stahl aus Würzburg ein Vertrag über die Arbeiten abgeschlossen, unter anderem: Einen neuen Dachstuhl für das Langhaus und den Kirchturm sollte er ausführen, eine neue Kommunionbank mit geschwungenen Holzpfeilern und einen neuen Glockenstuhl für zwei Glocken anfertigen.
Der Vertrag wurde am am 21. August 1728 abgeschlossen. Am 28. August jedoch kam Meister Stahl mit einer Nachforderung. Diese Nachforderung wurde aber von der Limbacher Vertragspartei nicht akzeptiert und offenbar wurde stattdessen dem Meister Stahl der Auftrag entzogen. Am 28. Dezember 1728 berichtete nämlich der Eltmanner Pfarrer an die Würzburger Behörden, dass die Arbeiten am Dachstuhl durch den Würzburger Zimmermeister Wolf vollendet seien.
Aus dem Text dieser durchgeführten Erneuerungsarbeiten geht hervor, dass auch in der alten Wallfahrtskirche schon Emporen sowie eine Orgel vorhanden waren.