Mit der Herrschaft der Nationalsozialisten beginnt für den Kolitzheimer Ökonomierat die politische Verfolgung. Er verliert alle Ämter und wird vorübergehend in "Schutzhaft" genommen. Nach dem gescheiterten Hitler-Attentat vom 20. Juli 1944 wird der Landwirt am 24. August des gleichen Jahres im Zuge der von Himmler angeordneten "Aktion Gewitter" zusammen mit insgesamt 5000 Gegner des NS-Regimes von der Geheimen Staatspolizei verhaftet und in das Konzentrationslager Dachau gesteckt. Anschließend wird er nach Auschwitz überführt und später ins Nebenlager Monowitz verlegt. Auf dem Marsch von dort ins KZ Mauthausen bei Linz kommt er am 7. Februar 1945 ums Leben.
"Der Abschied war etwas kurz"
Im einem Brief an seine Frau Therese aus dem Gefängnis in Würzburg schreibt Herbert am Tag des Abtransports in das Konzentrationslager Dachau: "Würzburg, 16. November 1944. Liebe Therese! Heute, kurz vor meiner Abreise, will ich in Gedanken noch einige Minuten bei Dir sein. Der Abschied war etwas kurz. (. . .) Schreibe mir bitte bald: Adr. F. H., Dachau, Konzentrationslager. (. . .) Gerne bringe ich die mir auferlegten Opfer, wenn ich Euch nur wiedersehe und der Krieg ein baldiges glückliches Ende nimmt. Dann sind auch unsere Opfer und Sorgen nicht vergebens. Das Vaterland braucht unsere Opfer, wir wollen das Letzte entbieten für einen siegreichen Frieden. (. . .) Wir stehen alle in Gottes Hand. Ein starkes Gottesvertrauen wird uns aufrechterhalten in dieser schweren Kriegszeit."
Die anschließenden Freilassungsgesuche der Ehefrau werden "aus sicherheitspolizeilichen Gründen" abgelehnt.
Herbert gilt den Nationalsozialisten schon seit Jahren als Gegner. Gleich nach der Machtübernahme 1933 entziehen sie dem 1885 geborenen Kolitzheimer Landwirt und Bürgermeister alle seine öffentlichen Aufgaben. Er muss sein seit 1920 bestehendes Mandat als Abgeordneter der Bayerischen Volkspartei im Deutschen Reichstag und das Amt des Präsidenten des Unterfränkischen Christlichen Bauernvereins niederlegen.
Die Regierung von Unterfranken und Aschaffenburg schreibt am 2. Juni 1933: "Im Einvernehmen mit dem Gauleiter von Unterfranken der NSDAP wird die Bestätigung der Wahl des Ökonomierats Franz Herbert zum ehrenamtlichen 1. Bürgermeister der Gemeinde Kolitzheim versagt, weil der Gewählte nach den Erhebungen politisch nicht tragbar ist und deshalb nicht die Gewähr dafür bietet, dass er jederzeit rückhaltlos für den jetzigen nationalen Staat eintreten wird."
Ende Juni 1933 wird Herbert in Würzburg in Schutzhaft genommen. Im Haftbefehl heißt es: "Der Inhaftierte war auf Weisung der Bayerischen politischen Polizei vom 25. Juni 1933 in seiner Eigenschaft als Funktionär der BVP in Schutzhaft zu nehmen. Ein Rechtsmittel steht dem Verhafteten gegen diese Entscheidung nicht zu."
Nach der Schutzhaft lebt Herbert als Landwirt zurückgezogen in Kolitzheim. Dem Würzburger Bischof Matthias Ehrenfried ist er freundschaftlich verbunden und steht deswegen unter ständiger Beobachtung durch die Gestapo. Kontakte hält er beispielsweise auch mit der Familie Hundhammer, die nach dem Krieg den Landwirtschaftsminister stellen wird.
Sein Widerstand gegen das NS-Regime zeigt sich am deutlichsten darin, dass er den Deutschen Gruß verweigert. Der Landrat von Gerolzhofen erlässt am 20. Februar 1941 eine polizeiliche Strafverfügung gegen Herbert: "Durch Ihr Geständnis ist erwiesen, dass Sie am 6. 2. 1941 in den Räumen des Wirtschaftsamtes ostentativ mit 'Guten Morgen' grüßten und trotz des Ihnen gebotenen Deutschen Grußes auch beim Verlassen dieser Räume Ihren eigenen Gruß wiederholten. Sie haben dadurch den Bestand der öffentlichen Ordnung gestört und bei den Angestellten des Wirtschaftsamtes erheblichen Anstoß erregt und Empörung ausgelöst. Ihr Verhalten erfüllt den Tatbestand des groben Unfugs."
In Dachau, Auschwitz, Monowitz
Nach der Verhaftung am 24. August 1944 führt der Weg des schwer herzkranken Kolitzheimers über Würzburg und Dachau in das Konzentrationslager Auschwitz und in die dortige Außenstelle Monowitz. Als Häftling mit der Nummer 200306 muss er in einer Fabrik an der Produktion von synthetischem Benzin und Gummi mitarbeiten.
Vier Briefe schickt Herbert in der Zeit zwischen 16. November 1944 und 7. Januar 1945 an seine Frau. Es sind die letzten Lebenszeichen und zeugen von seiner tiefen christlichen Grundhaltung.