Als Körperschaft des öffentlichen Rechts ist die Kongregation von nun an alleinige Gesellschafterin dieser gemeinnützigen heilpädagogisch-therapeutischen Einrichtung für Mädchen und junge Frauen. So können die Oberzeller Franziskanerinnen weiterhin maßgeblich Einfluss auf die Einrichtung nehmen und führen damit auch die Anliegen der Gründerin Antonia Werr (1813 bis 1868) fort. Mit der neuen Rechtsform wird die Organisation und Verantwortung für die Einrichtung stärker in den Betrieb vor Ort verlegt. Dieser ist gegenüber der Gesellschafterin rechenschaftspflichtig.
Mit der Gründung der Antonia-Werr-Zentrum GmbH sichert die Kongregation die rechtliche und wirtschaftliche Basis für die gemeinnützige heilpädagogisch/therapeutische Einrichtung für Mädchen und junge Frauen. Der Auftrag der Gesellschafterin für Mädchen und Frauen einzustehen, wird unter dem Dach des Caritasverbandes der Diözese Würzburg weitergeführt.
Zur Geschäftsführerin wurde die bisherige Gesamtleiterin des Antonia-Werr-Zentrums, Schwester Agnella Kestler, berufen. Sie führt die GmbH in Zusammenarbeit mit dem bisherigen stellvertretenden Gesamtleiter Alfred Hußlein und Verwaltungsleiter Georg Repp.
Das Antonia-Werr-Zentrum beschäftigt 120 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in den Erzieherischen Hilfen, Schule und Ausbildung. Im Stationären Bereich verfügt das Zentrum über 68 Heimplätze für Mädchen, junge Frauen und Mütter, dazu fünf Plätze für Kinder sowie sechs Plätze in der Jugendschutz-Stelle. Bis zu 20 Maßnahmen können im Ambulanten Bereich betreut werden.
Dem Heim sind eine Förderschule mit dem Förderschwerpunkt soziale und emotionale Entwicklung mit Hauptschule, eine Klasse zur Lernförderung, die Berufsschule sowie verschiedene Ausbildungsbetriebe angeschlossen.