Von seinem Vorgänger Gerhard von Schwarzburg übernahm der 1400 gewählte Johann von Egloffstein eine enorme Schuldenlast, die 1406 von der Kurie auf 2,5 Millionen Goldgulden geschätzt wurde. Der Bischof beklagte, er sei durch die Veräußerungen von Rechten, Ämtern und Steuern finanziell so geschwächt, dass er nicht mehr standesgemäß residieren könne.
Im Jahr 1407 bewilligte ihm König Ruprecht befristet daher den einträglichen Guldenzoll, 1408 Papst Gregor XII. für ein Jahr einen geistlichen Zehnten. Einige der Städte im Hochstift leisteten Steuervorauszahlungen.
Missstände im Klerus
Seit 1407 war das Verhältnis des Bischofs zum Domkapitel aufgrund neuer Steuerforderungen schwer belastet: das Kapitel verweigerte Zahlungen. Johann von Egloffstein reagierte mit einer Anzeige bei Papst Gregor XII., das Kapitel appellierte daraufhin selbst an den Kirchenoberen. Johann von Egloffstein ließ sodann in Würzburg während einer Prozession einige Domherren in ihren Chorröcken durch den Schultheißen festnehmen und im großen Turm auf der Marienburg einkerkern.
Mehrfach wurde Bischof Johann in Würzburg und im Bistum von Missständen im höheren Klerus berichtet. Verschiedene Geistliche würden in ihren Häusern mit Buhlerinnen, das heißt Dirnen, zusammenleben. Diese Frauen würden aus den Erträgen der kirchlichen Pfründen, den dienstlichen Geld- und Naturaleinnahmen, finanziert. Verschiedene Kleriker hätten ihre kirchlichen Tonsuren - den speziellen Haarschnitt als Kennzeichen, dass sie dem weltlichen Leben entsagt haben - abgelegt. Nach Sitte adliger Ritter würden sie zudem goldene Gürtel und goldene Halsbänder tragen, die mit kostbaren Edelsteinen geschmückt seien, andere trügen weiße Kleidung sowie rote, blaue oder weiße Schuhe.
Reaktion der Kurie
Dies wurde nach Rom berichtet. Papst Gregor ermächtigte daraufhin den Bischof, mit kirchlichen Strafen und Zensuren gegen die Beschuldigten vorzugehen. Bis zu einem festgelegten Termin sollten diese ihre Frauen entlassen und ihre geschmückte Kleidung ablegen. Die Tonsur, "mit der die Geistlichen Gott und die Menschen ehren", sei wieder einzuführen.
Der gesamte Klerus von Stadt und Diözese solle das Mandat zügig ausführen und das Domkapitel ein entsprechendes Statut erlassen. Bischof Johann ermahnte im Kapitelshaus am Dom den Domdekan sowie einige Kanoniker und wies auf ihre Pflicht zum Gehorsam hin. Das Domkapitel bewertete dies als Bruch seiner Statuten und Privilegien.
Domkapitulare rüsten
Verärgert über die Maßnahmen des Bischofs begaben sich die noch nicht inhaftierten Mitglieder des Domkapitels nach Ochsenfurt, der Stadt der Kanoniker, und verbündeten sich mit Grafen, Rittern und Kriegsknechten gegen den Bischof, um Widerstand zu leisten. Zügig kam es jedoch zu einem Schiedsspruch des benachbarten Bischofs Albrecht von Bamberg und des Burggrafen Friedrich VI. von Nürnberg. Der Bischof solle dem Kapitel gewisse Mitregierungsrechte einräumen und die Gefangenen freilassen. Dies geschah.
Die Kapitulare forderten nun jedoch vom Papst die Exkommunikation ihres Landesherrn. Gregor XII. sah sich veranlasst, den Abt von St. Burkard, Johannes von Waldenfels, als Exekutor zu beauftragen. Er solle die gesamten Vorfälle untersuchen und den Würzburger Oberhirten möglichst freisprechen.
Als Ergebnis hat sich im mittelalterlichen Urkundenbestand des Staatsarchivs Würzburg, datiert auf den 3. April 1409, eine Pergamenturkunde erhalten, die auf diese Ereignisse Bezug nimmt. Es handelt sich um ein sogenanntes Notariatsinstrument, das nicht nur durch das Signet des Notars Johannes Pflantz von Weißenburg, Geistlicher der Eichstätter Diözese und Notar dank kaiserlicher Befugnis, links unten bekräftigt wird, sondern auch das Siegel des Abtes von St. Burkard, Johannes von Waldenfels, trägt. Dieses Mandat führt nicht nur den Sachverhalt auf, sondern ist insofern von besonderem Interesse, als es in der Tat Bischof Johann von jeglicher kirchlichen Fehlhandlung freispricht.
