Bereits seine Doktorarbeit über die Einwirkung von Duft- und Geschmacksstoffen auf die Tänze der Bienen beeindruckte seinen Lehrer Karl von Frisch so sehr, dass er ihn 1948 für zwei Jahre nach Graz als Assistent holte. Nach der Rückkehr Karl von Frischs nach München folgten äußerst ergiebige gemeinsame Jahre. Aufsehenerregende Entdeckungen zu den Verständigungsmethoden der Bienen beim Nahrungserwerb und bei der „Wohnungssuche“, zur Arbeitsteilung unter den Individuen im Bienenstaat oder zur Temperaturregulierung im Bienenstock hat Lindauer in dieser Zeit gemacht. Vor allem die Erforschung der Bienentänze auf der Schwarmtraube, die zur Entdeckung eines quasi-demokratischen Entscheidungsprozesses bei sozialen Insekten führte, und seine äußerst detaillierten Arbeiten zur Arbeitsteilung haben die moderne experimentelle Soziobiologie bis heute geprägt.
Außerdem hat er in dieser Münchner Zeit, zum Teil gemeinsam mit Karl von Frisch, bahnbrechende Arbeiten zur Sonnenkompassorientierung der Bienen veröffentlicht. Auf zwei Forschungsreisen in Indien und Brasilien machte Lindauer aufgrund vergleichender Untersuchungen sozialer Bienen wichtige Entdeckungen gemacht, die erstmals solide Hinweise zur Evolution der Bienensprache lieferten.
International anerkannt
1955 folgte seine Habilitation und 1961 wurde er zum außerordentlichen Professor an der Uni München ernannt. Um diese Zeit war Lindauer längst ein international bekannter Wissenschaftler. 1963 erhielt er einen Ruf an die Uni Frankfurt/Main, den er annahm. Bald machte er Frankfurt zum Mekka der experimentellen Verhaltensforschung und Sinnesphysiologie. Lindauer zog junge Wissenschaftler an, die er für verhaltensphysiologische Forschung begeisterte, er gab ihnen viel Unabhängigkeit zur eigenen wissenschaftlichen Entwicklung, sparte aber auch nicht an hilfreicher Kritik.
Als ihn 1973 der Ruf an die Universität Würzburg erreichte, zögerte Lindauer nicht, in die bayerische Heimat zurückzukehren. Bald übernahm er hier Ämter und Aufgaben in der akademischen Selbstverwaltung.
In Anerkennung seiner Leistungen sind Lindauer zahlreiche Auszeichnungen und Ehrungen geworden. Er wurde zum Mitglied in Akademien gewählt und war Ehrenmitglied der Deutschen Zoologischen Gesellschaft, die ihm 1986 auch die Karl-von-Frisch-Medaille und den Wissenschaftspreis verlieh. 1983 wurde Lindauer das Bundesverdienstkreuz am Bande verliehen, 1986 erhielt er das Bundesverdienstkreuz 1. Klasse, und 1998 den Maximilians-Orden.