Die Mühlen nahmen in der städtischen Wirtschaft immer eine Sonderstellung ein. Ohne Mehl war kein Brot zu backen. Mühlen waren technisch aufwändig, sie konnten von Pferden oder Ochsen angetrieben werden, effektiv waren die Wassermühlen.
Die Stadt Ochsenfurt verfügte bereits früh über eine Mühle am Strom, die sogenannte Mainmühle. Sie war Eigentum des Würzburger Domkapitels und existierte bereits im Mittelalter. 1397 wurden einem Zimmermann, wie eine Rechnung des Kapitels vermerkt, für viertägige Arbeiten an der Mühle drei Pfund Silber, acht Schillinge und acht Pfennige bezahlt. Als der Ochsenfurter Stadtrat das alte Seelhaus an der Stadtmauer zu einem Spital umwidmete, erhielt dieses 1436 den Mühlenkomplex als Ausstattungsgut. Das Spital verpachtete die Mahlanlage regelmäßig, wobei der Pachtzins in Korn geleistet werden musste. Der Mühlmeister wurde vom Stadtrat ernannt, in der Neuzeit wurde er mit sieben Goldgulden besoldet.
Die alltägliche Arbeit des Müllers war anspruchsvoll. Die Kornsäcke mussten entgegengenommen und gewogen werden. Das durchgelaufene Mahlgut war zu sieben, von der Kleie zu trennen und nach Vermahlungsgrad für einen neuen Durchlauf wieder aufzuschütten. Bevor dem Kunden das Mehl übergeben werden konnte, war es abzufüllen und abzumessen. Ferner war die Mühle zu reinigen, die Wellenlager waren zu schmieren, die Mahlsteine periodisch nach zu schärfen.
Selbstständiger Unternehmer
Im 16. Jahrhundert verlieh der Ochsenfurter Stadtrat unter Beteiligung des Spitalpflegers die Mainmühle jeweils auf ein Jahr. Die Pflichten des Müllers wurden auf sogenannten Bestandszetteln fixiert, von denen jeweils einer beim Müller und einer beim Spital verblieb. Zu mahlen wahren Korn und Weizen für Bürger, auch für Fremde, dann in festgelegter Reihe für die Bäcker. Die Mahlgebühren fielen jeweils zur Hälfte an den Müller und an das Spital. Der Mainmüller erhielt zudem wöchentlich zwei Pfund Heller, wovon er seine Knechte und Dienstboten zu unterhalten und das Brennholz, das Licht und kleinere Reparaturen zu bezahlen hatte. Die Kosten für seinen Esel übernahm das Spital, das auch Mastschweine kaufte, die es beim Müller unterstellte. Der Müller arbeitete als selbstständiger Unternehmer, wobei er einen Teil des eingelieferten Getreides selbst vermarkten durfte.
Die Arbeit war nicht ohne Risiko, denn Hochwasser, Eisgänge oder Versandungen beschädigten häufig das Mühlwerk, sodass zum Teil beträchtliche Reparaturkosten auf Müller und Stadtrat zukamen. Letzterer sah sich 1718 gezwungen, nach Genehmigung durch das Würzburger Domkapitel die gesamte Mainmühle um 3300 Goldgulden zu verkaufen. Zwar brannte sie im folgenden Jahr ab, konnte aber wieder hergestellt werden. Ihr Ende läutete jedoch das Jahr 1784 mit dem Jahrhunderthochwasser ein. Die ganze Anlage wurde vom reißenden Strom komplett weggerissen, sodass man auf einen Wiederaufbau verzichtete.
Weitere Mühlen in der Stadt
Ochsenfurt verfügte neben der Mainmühle noch über drei weitere Mühlen, nämlich die so genannte, seit dem Mittelalter nachweisbare Dierbachsmühle, später Cornetsmühle genannt. Sie war Eigentum der Stadt, die sie gegen einen jährlichen Zins an private Müller ausgab. Die Abgabe umfasste circa 16 Malter Korn, die an das Ochsenfurter Spital zu liefern waren. Schließlich verfügte die Stadt noch über die obere sogenannte Holz- oder Rothmühle, für die eine Pacht von 24 Maltern Korn und Weizen zu leisten war. Diese Mühle ging 1679 in private Hände über. Schließlich ist für die Neuzeit noch die Rossmühle belegt. 1650 wird sie zwar als nicht mehr funktionstüchtig bezeichnet, doch wurde sie wiederhergestellt und konnte im Jahr 1767 zuerst mit zwei, dann mit vier Gängen neu eröffnet werden.