Kunstwerke aus unterschiedlichsten Epochen hat der Bau- und Kunstreferent der Diözese, Domkapitular Jürgen Lenssen, zusammengetragen und damit den Kirchenraum dekoriert. Keines der Kunstwerke hat hier aber zum Selbstzweck seinen Platz gefunden, vielmehr ist alles der theologischen Konzeption aus dem 18. Jahrhundert untergeordnet. Damals, so konnte man übrigens jetzt feststellen, lag das Bodenniveau im Langhaus des Neumünsters noch 1,20 Meter unter dem heutigen. Der Beweis dafür findet sich an einer Stelle links neben dem Altarraum.
Nach dem neuen Vorraum der Kirche empfangen den Besucher zwei neu gestaltete Seitenkapellen. Die eine ist ausgestattet mit zwei Bildern von Ben Willikens (geboren 1939), dessen zwei Gemälde dem kleinen Raum perspektivische Tiefe verleihen. In der gegenüberliegenden Kapelle, die früher ebenfalls als Abstellraum diente, trifft eine Christusfigur von Johann Peter Wagner (1730 bis 1809) auf das Bild „Golgotha“ von Michael Morgner.
Derartige Gegenüberstellungen finden sich in der neuen Neumünsterkirche an verschiedenen Stellen. Beispielsweise in der Kiliansgruft, wo Lenssen hinter den Steinsarg, in dem der erste Würzburger Bischof St. Burkard die Gebeine des Heiligen Kilian barg, jetzt das Gemälde „Triumphator“ von Michael Triegel (geboren 1968) gehängt hat, das ebenfalls ein völlig neues Raumgefühl vermittelt. Eine ähnliche Konstellation findet sich vor der Anbetungskapelle. Hier hängt über einem Grabchristus, der um 1700 entstanden ist, das Gemälde „Gekreuzigter“ des zeitgenössischen Künstlers Jacques Gassmann.
Die neue Kunst – dazu gehören noch Gemälde von Thomas Lange, Hann Trier oder Markus Fräger – ist keineswegs nur dekorativ, sie soll vor allem darauf hinweisen, dass auch und gerade heute die Auseinandersetzung mit dem Glauben ein wichtiges Anliegen darstellt. So weist auch die neue Anordnung der Gräber in der Kiliansgruft auf die jahrhundertelange Tradition der Glaubenszeugen im Bistum Würzburg hin: Sie reicht von den Gebeinen der drei ermordeten Frankenapostel bis zum Grab des 1942 im KZ Dachau gestorbenen Pfarrers von Oberschwarzach bei Gerolzhofen, Georg Häfner.
Wiederhergestellt wurde die rechte Treppe zum Hochchor, gleich neben den drei Büsten der Frankenapostel. Außerdem wurde der neue Altar, den Jürgen Lenssen selbst entworfen hat, wie auch sein Umfeld aus rotem Sandstein gestaltet, womit man sich auf die barocke Ausgestaltung der Kirche zurückbesinnt.