Den wenigsten Besuchern der Abtei dürfte bewusst sein, dass die ersten Bewohner des heutigen Klosterareals in Münsterschwarzach Nonnen waren. Das macht die Frühgeschichte der einzigen, fränkischen Benediktinerabtei etwas verzwickt. Denn sie betrifft ja zwei klösterliche Gemeinschaften, die unterschiedlicher nicht sein konnten. Ihre Anfänge sind mit einigen Fragezeichen und Vermutungen versehen.
Sicher aber ist, dass an der Stelle des heutigen Klosters gegen Ende des 8. Jahrhunderts ein Frauenkloster bestand, dessen erste Äbtissin Theodrata war. Als man ab 1935 die Fundamente für die jetzige Abteikirche aushob, fand man die Überreste der ersten Klosterkirche aus der Zeit Karls des Großen. Damit ließ sich ein Modell herstellen, das eine ziemlich konkrete Vorstellung vom Aussehen der ersten Klosterkirche gibt. Außerdem tauchte auf dem Abteigelände ein schöner Bronze-Schlüssel auf, der nach Expertenmeinung aus der Zeit stammt, als Theodrata Äbtissin in Münsterschwarzach war.
Allerdings ist das genaue Gründungsdatum des Nonnenklosters nicht bekannt. Experten wie der Abteiarchivar Pater Franziskus Büll setzen es vorsichtig auf die Zeit vor 783. Zwar war es ein karolingisches Königs-Kloster, doch Karl der Große hat es nicht gegründet. Es war eine rhein-mainfränkische Familie, zu der wohl auch Theodratas Mutter Fastrada gehörte. Diese vierte Gemahlin Karls des Großen investierte viel in das junge Kloster an der Schwarzach.
Es ist deshalb nicht verwunderlich, dass ihre Tochter nach 814 hier Äbtissin wurde und das Kloster als ihr ererbtes Eigentum verwaltete. Das Todesjahr Theodratas ist unsicher. Man vermutet das Jahr 848. Sie hatte noch drei Nachfolgerinnen in Münsterschwarzach. Mit dem Tod der letzten Äbtissin Bertha, einer Tochter Kaiser Ludwigs des Deutschen, endete 877 das Kapitel des königlichen Frauenklosters.
Aber schon Jahrzehnte vorher hatte sich im Steigerwald in Megingaudshausen (in der Nähe von Markt Bibart) eine Mönchsgemeinschaft zusammengefunden. Deren erster Leiter war der bedeutende Reichsabt Benedikt von Aniane, der 821 starb. Er war nicht nur für das Steigerwaldkloster zuständig, sondern auch für weitere Klöster im fränkischen Reich.
Nach dem Tod der letzten Äbtissin siedelten diese Mönche nach Münsterschwarzach über. Das genaue Datum dieses Neuanfangs ist nicht überliefert. Allgemein wird aber angenommen, dass die Benediktinermönche von Megingaudshausen irgendwann nach 877, dem Todesjahr der letzen Äbtissin Berta, an den Main umgezogen sind. Münsterschwarzach bot einfach mehr und bessere Entwicklungsmöglichkeiten für die Mönche aus dem Steigerwald.
Dort leben sie seither nach der Regel Benedikts mit nur einer Unterbrechung von 110 Jahren. 1803 war das Kloster als Ergebnis der Säkularisation aufgelöst und verstaatlicht worden. Im Jahr 1913 wurde es von Missionsbenediktinern, die in St. Ottilien (am Ammersee) ihr Mutterkloster hatten, neu besiedelt. In zwei Jahren feiert die Abtei das 1200-jährige Bestehen des Männerklosters: Im Jahr 816 wurde der erste Abt von Münsterschwarzach, Benedikt von Aniane, urkundlich erwähnt.