Ein Blick auf die Geschichte des Haus St. Michael belegt die verschiedensten Veränderungen im Lauf der Jahrzehnte
Noch heute ist, gerade bei älteren Königshöfern, das "Kilianeum" ein Begriff, der an die Anfangsjahre in den 1950 er Jahre erinnert. Damals wurde aufgrund der großen Nachfrage eine Außenstelle des Würzburger Kilianeums in Königshofen errichtet. Die Schüler des Internats waren zunächst im obersten Stockwerk des Küsterhauses am Kirchplatz untergrbacht. Rektor war Studienprofessor Heinz Keller. 1957 bis 1962 war Paul Leuchs Direktor des Studienseminars. 1962 wurde der Neubau des Kilianeums in der Wallstraße eröffnet. Dort übernahmen Schwestern die Betreuung des Hauses der Kilianisten. Namen wie Schwester Konradine, Schwester Laurentiana und Schwester Emmerica sind heute noch ein Begriff.
Der heutige emeritierte Weihbischof Helmut Bauer übernahm von 1964 bis 1968 die Leitung der Einrichtung. Zuvor war er erster Präfekt im Bischöflichen Knabenseminar Kilianeum in Würzburg. Er gründete im Seminar in Bad Königshofen einen Chor und eine Bläsergruppe. Weiterhin gab es die Seminarzeitung "Brücke." Bei der Bevölkerung besonders beliebt waren die Sommerfeste. Das Kilianeum war immer wieder Anlaufpunkt für Priesterkonferenzen aus dem Dekanat. Sehr oft war auch der jeweilige Diözesanbischof aus Würzburg zu Gast.
Schließungsgedanken schon 1998
Unter Helmut Bauer wurde der Erweiterungstrakt des Studienseminars im Jahr 1967 in die Wege geleitet und ein Jahr später bereits in Betrieb genommen. Der Grund war der enorme Zuspruch an Kilianisten. Die Heimatzeitung Bote vom Grabfeld berichtet von bis zu 150 Buben, die in Königshofen das Studienseminar St. Michael besuchten. Nachdem Helmut Bauer nach Würzburg berufen wurde, war Alkuin Mahr von 1968 bis 1984 Direktor des Hauses, in dem bis zu 130 Schüler wohnten. Es folgte Direktor Günter Putz in der Zeit von 1984 bis 1991 und schließlich Rudolf Heller, der bis zum Jahr 2012 Direktor der Bad Königshofener Einrichtung war.
1998 stand die Einrichtung in Bad Königshofen schon einmal auf der Kippe, weil sich die Diözese zurück ziehen wollte. Dann entschied man in Würzburg, zu investieren und baute das Haus zum Familienbildungshaus um. Damit kam Alois Heinisch als Geschäftsführer, der von Anne Hüttner abgelöst wurde. Sie hatte es erreicht, dass sich die Zahl der Übernachtungen auf 10 000 verdoppelte und die Einrichtung nach außen geöffnet wurde. Der Umbau am 1967 errichteten Erweiterungsbau, gedacht als Angebot für Radler- Wanderer oder Pilgergruppen zur Selbstversorgung wurde zur Erfolgsgeschichte. Genutzt wurde die Einrichtung von kirchlichen Einrichtungen, es gab wöchentliche und feste, monatliche Angebote für die Bevölkerung. Dazu gehören bis heute zum Beispiel eine Krabbelgruppe, Vortragsreihen, Treffen von Seniorengruppen und weitere Angebote, um die Einrichtung auszulasten.