Am 11. Mai 1965 begann mit der Grundsteinlegung am Hubland die Verlagerung eines Teils der Universität an den Stadtrand. Die seit Beginn der sechziger Jahre diskutierte Idee, Bereiche der Uni, des größten Arbeitgebers der Stadt, ans Hubland zu verlegen, war lange Zeit heftig umstritten.
Die örtliche Debatte konzentrierte sich zunächst weitgehend auf Erweiterungs-Lösungen im Stadtkern; man sprach von der „attraktiven Überschaubarkeit“ der Hochschule und ihrer gelungenen Einbindung in das Leben Würzburgs. Beides solle nicht aufgegeben werden.
Auch Main-Post-Kolumnist Heiner Reitberger („Kolonat“) wandte sich im Juni 1962 in einem ganzseitigen Artikel gegen die Verlagerungs-Pläne, die angesichts der jahrhundertealten engen, auch räumlichen Verbindung von Studenten und Dozenten und städtischer Bevölkerung zu einem „bedenklichen Substanzverlust“ führen müssten. Reitberger setzte sich stattdessen für die Fortentwicklung der Universität in der damals noch völlig unbebauten südlichen Sanderau ein.
Der Wissenschaftsrat des Bundesinnenministeriums, das für die Zuteilung von Bundesmitteln zuständig war, plädierte dagegen für die Teil-Auslagerung an den Stadtrand und setzte sich durch.
Der Druck der Verhältnisse in der Innenstadt war groß. Im Wintersemester 1961/62 studierten fast 8000 Studenten an der Julius-Maximilians-Universität – weitgehend unter Bedingungen, die für die 2000 Studierenden der Vorkriegszeit galten.
Im Juli 1962 wies der Stadtrat 150 Hektar Grund und Boden, der auf Würzburger Gemarkung lag, für Erweiterungsbauten am Hubland aus. Zu diesem Zeitpunkt begann auch ein über Jahre andauernder Streit um Grundstückspreise. Weil in Regensburg Fürst von Thurn und Taxis bis zu 60 DM pro Quadratmeter Acker für den Uni-Neubau vom Freistaat erhalten hatte, wollten sich die Gerbrunner Bauern, denen die meisten Flächen gehörten, nicht mit 20 DM zufriedengeben.
Die Landwirte aus dem Nachbardorf hatten hier Hunderte von Obstbäumen stehen, darunter viele Kirsch- und Zwetschgenbäume. Die heutige Straße Am Hubland, die den Campus durchschneidet, wurde aus diesem Grund früher Kirschenlandstraße oder Kirschenallee genannt.
Für Ackerland – und um solches handelte es sich – war der Preis von 20 DM durchaus angemessen, urteilt der Gerbrunner Ortschronist Georg Palitza. Aber: „Für Bauland – und das sollte es werden – erschien er zu gering.“ Es entstand Unmut, die Verkaufsbereitschaft ließ nach. Die Gerbrunner sprachen von „zweierlei Maß“, mit dem hier gemessen werde.
Der bayerische Finanzminister verteidigte den bisher bezahlten Preis. Man plante bei künftigen Ankäufen je nach Stadtnähe allerdings bis zu 40 DM zu zahlen und Landwirten, die ihre Existenz behalten wollten, auf dem der Universität gehörenden Gut Gieshügel Ersatzackerland zur Verfügung zu stellen, was später in zwei Fällen tatsächlich geschah.
Unter diesen veränderten Umständen nahmen die Verkäufe wieder zu. „In die Gemeinde kamen viele Millionen, die angelegt werden sollten“, schreibt Palitza. „Direktoren angesehener Banken bemühten sich, einen Teil der Beträge für ihre Bank zu sichern.“ Jüngere Landwirte kauften für den erlösten Preis Bauernhöfe, zum Teil in den besten Lagen des Ochsenfurter Gaues, und blieben so ihrem Beruf treu. Andere legten ihr Geld im Wohnungsbau an.
So kam es, dass Gerbrunn in den nächsten zehn Jahren einen enormen Bauboom erlebte. Die Süddeutsche Zeitung veröffentlichte am 12. August 1965 unter dem Titel „Gerbrunn wächst im warmen Goldregen“ einen Artikel, in dem es hieß: „In dem Dorf bei Würzburg brach über Nacht der Wohlstand aus.“ Das Nürnberger Acht-Uhr-Blatt titelte am 30. Januar 1965: „In Gerbrunn bei Würzburg sind aus kargen Äckern über Nacht Goldgruben geworden – Alle, alle werden reich.“
Das heiß diskutierte Thema der Ackerpreise war noch nicht endgültig vom Tisch, als am 11. Mai 1965, dem 383. Geburtstag der Universität, der Grundstein gelegt wurde. Im Juli richtete die Firma Hochtief die erste Baustelle ein. 1969 wurde die Organische Chemie als erstes Institut am Hubland in Betrieb genommen.
Danach ging es Schlag auf Schlag. Wie Pilze wuchsen die Institute in die Höhe und konnten Jahr für Jahr übergeben werden: 1970 die Institute für Anorganische Chemie, Pharmazie und Lebensmittelchemie, im Wintersemester 1971/72 die Mineralogie und Kristallstrukturlehre; im gleichen Semester der zweite Bauabschnitt des Philosophiezentrums, nachdem schon im Winter zuvor der erste Bauabschnitt eröffnet worden war. Der Bau des Zentralgebäudes für Chemie war ebenfalls 1972 abgeschlossen.
Dass der neue Campus den Namen der Feldlage Hubland, auf der er errichtet wurde, tragen sollte, stand auch 1972 noch nicht endgültig fest. Damals wurde unter anderem diskutiert, ihn nach dem Biologen Theodor Boveri zu benennen, an den jetzt zumindest die nach der Straße Am Hubland zweitwichtigste Straße des Campus erinnert, der Theodor-Boveri-Weg. 1974 fand auch die Mathematik eine neue Bleibe am Stadtrand, gefolgt vom naturwissenschaftlichen Hörsaaltrakt 1975.
Im Jahr 1978 näherte sich mit der Eröffnung des ersten Bauabschnitts des Physikalischen Instituts und der Mensa die erste Bauphase ihrem Ende. Den vorläufigen Schlusspunkt setzte schließlich die Universitätsbibliothek, die 1981 aus der Alten Universität in der Domerschulstraße auszog.
Im Wintersemester 1992/93 waren 20 784 Studenten in Würzburg eingeschrieben und der Ausbau ging weiter. 1993 konnte das Biozentrum in Betrieb genommen werden, das die Lehrstühle für Biochemie, Physiologische Chemie, Humangenetik, Genetik, Biotechnik, Mikrobiologie und Zoologie aufnahm. Damit wurden zehn Lehrstühle aus drei Fakultäten unter einem Dach zusammengefasst.
1994 fand die Einweihung des Mikrostrukturlabors statt. Mit der Eröffnung des Instituts für Physikalische Chemie war 1997 schließlich der Umzug der Fakultät für Chemie und Pharmazie ans Hubland abgeschlossen. 1999 bezogen das Zentrum für Sprachen und Mediendidaktik und das Institut für Informatik ihre neuen Bauten.