Prinzipiell muss festgestellt werden, dass sich die Zeit der Entstehung des Klosters wegen der schlechten Quellenlage nicht mehr einwandfrei feststellen lässt, da es im Bauernkrieg 1525 geplündert wurde und wertvolle Urkunden verloren gingen.
Das nun genannte Datum stützt sich auf eine Zisterzienser-Chronik von 1896, die ein Dr. Michael Wieland verfasste. Er behauptet, dass die Gründerin, die Pfalzgräfin Gebra/Gertraud, 1209 verstarb und im Kloster bestattet wurde. Andere Quellen berichten, das Kloster bei Sulzfeld sei bereits 1182 von Gertraud gegründet worden, wieder andere, dass das Kloster von den Herren von Wildberg, die auf der nahen Wildburg residierten, gegründet worden wäre.
Gertraud, Schwester (oder Nichte?) König Konrads III., war die Ehegattin des Pfalzgrafen Hermann von Stahleck, der zudem 1156 das Kloster Bildhausen stiftete. Als wichtigstes Motiv für die Klostergründung darf die Kinderlosigkeit der Ehe mit Gertrud angenommen werden. Die Stiftung „irdischer Besitztümer zum Erwerb himmlischen Reichtums“ durch Gründung einer geistlichen oder sozialen Einrichtung war in solchen Fällen ein häufig beschrittener Weg.
In jedem Fall waren die Grafen von Wildberg, die in der Nähe ihre Burg hatten, große Förderer des Klosters. Es wurde zunächst von Zisterziensernonnen aus Wechterswinkel besetzt. Oder waren es Benediktinerinnen, die sich zeitweilig wohl nach den Zisterzienserkonstitutionen richteten, ohne förmlich diesem Orden einverleibt zu sein? Auch diese Frage muss unbeantwortet bleiben.
In der Blütezeit bestand das Kloster, in dem der hl. Gumbert seine letzte Ruhestätte gefunden haben soll, aus einem Abteigebäude mit zwei Flügeln und eingebautem Kreuzgang. Ferner aus einer großen Wallfahrtskirche, die nach Norden den Abschluss des Abteigebäudes bildete, einer kleinen Kapelle, einem Friedhof, der zudem als Grabstätte der Herren von Wildberg diente, einem großen Garten und einem Wirtschaftsgebäude. Das alles war umschlossen von einer vier Meter hohen Mauer. Das Kloster hatte Lehensgefälle in nahezu 40 Orten.
1525 wurden das Kloster St. Johannis und die nahe Wildburg von aufrührerischen Bauern des „Bildhäuser Haufen“ unter Jacob Unrath aus Saal geplündert und teilweise zerstört. 1550 lebte nurmehr eine Nonne im Kloster. Ursache war, dass zu dieser Zeit die Ritterschaft des gesamten Grabfeld- und Haßgaus von der alten Kirche abgefallen war und somit dem Kloster keine Töchter mehr gab. Zur Aufnahme Nichtadliger konnte man sich nicht entschließen.
Im Nachlass der letzten Äbtissin, Ursula von Herbilstatt, die 1555 starb und die in der Stadtpfarrkirche von Königshofen begraben liegt, fand man das Siegel des Klosters. Es zeigt einen Adler, der in seinen Klauen ein Spruchband trägt. Dieses enthält die Anfangsworte des Johannesevangeliums: „Am Anfang war das Wort“.
Nach Ursulas Tod wurden vom Fürstbischof Klostervögte eingesetzt. St. Johannis war noch immer Wallfahrtsort und so ließ Gegenreformator Julius Echter 1578 eine neue Kapelle bauen. Reste der alten, erstmals 1323 genannten, der Gottesmutter Maria geweihten Kapelle, wurden integriert und sind heute noch vorhanden. Hierbei handelt es sich um den Chor, einen quadratischen Raum mit spitzbogigem Kreuzgewölbe. Die alte große Kirche, die, wie alle Zisterzienserkirchen der Jungfrau Maria und daneben Johannes dem Evangelisten geweiht war, wurde bereits 1570 als „verödet“ bezeichnet. Sie wurde 1662-64 abgerissen und die Steine zum Bau des Kapuzinerklosters in Königshofen verwendet.
1715/16 wurde eine neue St. Johanniskirche gebaut. Die Pfarrer von Sulzfeld, Großbardorf und Großeibstadt mussten dort Gottesdienst halten, da diese Pfarreien mit ehemaligen Klosterbesitz ausgestattet waren. Um 1750 wurde das Konventsgebäude zu einem stattlichen Herrenhaus umgebaut.
Nach der Säkularisation von 1803 verwahrloste die St. Johanniskirche immer mehr und wurde schließlich 1889 abgebrochen. Die Besitzer des Hofes wechselten fortan häufig. In unseren Tagen befindet sich das Anwesen im Besitz der Familie Pullmann, die es vor einigen Jahren vorzüglich restaurieren ließ. Scheinbar nicht umsonst ließ 1889 ein Eigentümer über der barocken Toreinfahrt des Johannishofes den Schillerspruch anbringen: „Das Alte stürzt - es ändern sich die Zeiten - und neues Leben blüht - aus den Ruinen.“